科学基金是为了支持和促进科学研究，尤其是基础科学研究事业而建立的。科学基金制有别于传统行政拨款的资助和管理方式，其本质是充分依靠科学家群体进行民主管理，从而使知识生产的要素得到优化配置，并产生最大效益。由于不受政府决策管理程序的限制，科学基金一般可以较迅速地决定问题，对科学发展中的新构思、新设想可以较早做出灵活反应，以弥补宏观科研体制的不足。作为一种科研管理方式和组织体系，科学基金制符合科学研究本身的内在规律，体现了科学民主的内涵，并且与市场经济的特征相一致。
科学基金制在我国的实践是成功的。自1982年以来，在党和政府的领导和支持下，我国的科学基金和科学基金组织如雨后春笋般涌现，逐渐形成了包括国家、地方、行业和民间等多层次、多领域的科学基金体系，取得了十分显著的成绩。
然而，据笔者看来，科学基金运行中也存在以下一些缺陷和局限性：
按照同行专家评审制度，同行专家共识性项目最容易获得资助，而创新性愈强的项目愈难于取得共识。这将可能造成对某些优秀项目资助决策的重大失误。某些新兴学科或某一学科中处于前沿、探索性较强的研究领域，也可能因此而难以获得资助。
一般地说，打破平均主义，使资金相对集中于优秀环境中的优秀人才，将提高资金的使用效率；但如果资金过度集中于少数人手中，则可能造成积压和浪费，反而导致资金利用率下降。对于年轻科学家，由于其业绩权重较小，不容易获得资助，从而影响人才梯队的形成和科技事业的长远发展。从学科发展来看，科学基金往往是“把山堆得更高”，而不是“把谷填平”，这将不利于薄弱学科的发展。
根据科学基金制的运行规则，申请者不仅要提供其以往在本领域的研究基础，更要提出下一步研究设想和构思。对于应用基础研究项目而言，这实际上是将申请者最活跃、最新颖的科学思想在取得知识产权法律保护之前提供给自己同行进行剖析。对于具有较好应用前景的研究课题，这将影响其后续开发过程。
科学基金制较适合于自由度大、探索性强、目标不十分明确的基础性研究课题，而不适宜于任务性强、需要政府部门加以干预的研究。例如，国家重大工程性项目、国家中长期科技发展项目、基础研究基地和装备建设等均不适宜直接采用科学基金制。
针对以上问题，笔者以长期专职从事国家新药研究基金管理的实际体会，冒昧提出如下看法与同行切磋。
（1）必须建立持续、稳定的资金渠道，以保证科学研究活动的稳定性和连续性。科学研究需要扩展已知的规律，进入未知的领域，具有很大的探索性和不确定性。许多研究项目需要科学家们数年、数十年甚至几代人的努力，经过无数次的失败，才可能取得一定进展。然而，目前我国各种基金资助额度和资金总额都较少，甚至许多重要领域的科学基金尚缺乏较稳定的资金来源。这除了需要基金组织本身在进一步改革开放中大胆探索，充分借鉴国际上的一些成功经验外，也需要政府有关部门给予资金和政策上的支持。
（2）在坚持公平竞争、择优支持的同时，必须兼顾一些薄弱环节。竞争择优是科学基金制的基本运行机制。然而，一些自然科学的薄弱环节虽然需要支持，但由于种种原因暂时缺乏必要的竞争实力。我国的一些科学基金为此采取了设立专项基金的办法，如地区基金、青年基金等，取得了一定的成效。这些措施如何掌握适当，并与科学基金制原理相衔接，值得进一步探讨。
（3）必须坚持两手抓，妥善处理科学基金与行政拨款的关系。建国后的前30年，我国的基础研究主要采取行政拨款，重大项目则由政府组织攻关。实践证明，对重大项目组织攻关是成功的办法，但对大量的一般性项目若采用拨款方式，则容易形成“大锅饭”和低效率。因此，必须一手抓科学基金，一手抓重大项目攻关，摆正科学基金制在科技大格局中的位置。
（4）必须进一步改善和加强各种科学基金及科技计划之间的衔接和协调。由于现行管理体制的原因，目前各种科学基金和各项科技计划之间条块分割，相互之间缺乏了解和沟通，容易造成多头立项和低水平重复，更谈不上同类研究项目上、下游和前、后期之间的衔接。例如，许多化学和生命科学领域的基础研究项目，已经显示出较好的市场应用前景，应该过渡到新医药产品方面的科学基金或科技计划继续支持。然而，由于前后两者具有不同的考核验收办法而无法顺利衔接，极大地降低了国家有限资金的综合效益。
（5）加强立法工作，各种关系要进一步理顺。迄今为止，政府对包括国家自然科学基金委员会在内的各种科学基金管理机构，基本上仍然是采取行政办法进行管理。随着政府机构改革的进行，应当进行基金管理组织的归属和职能调整，因为这会影响到科学基金制的健康发展。应当促进和加强立法工作，从法律上确立科学基金的性质、地位、责任、权利和义务等，理顺各种关系，保障科学事业和科学基金事业持续稳定地向前发展。
（6）完善管理体制，提高运作效率。完善的科学基金管理体制，应该是决策、咨询、执行、监督四个系统相互协调、相互制约。目前，我国的基金管理组织，大多数是将以上四种职能混融在一起，造成许多管理原则难以落到实处。在依靠专家的同时，必须建立一套精干、高效的执行机构，它与科学家群体民主管理的机制应该是互相配合、相辅相成的。
科学基金制在我国迄今还仅有十几年的历史。我们只有努力探索，大胆实践，将科学基金制的一般原理与我国的实际情况相结合，才能使我国的科学基金事业得到蓬勃发展，并在我国的科学和社会发展中发挥应有的作用。
（作者为国家药品监督管理局药品评价中心副主任、高级工程师）
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